Слух о новой обители скоро разнёсся по окрестным местам. Число братии стало увеличиваться, расширяться земельные владения. Были построены три деревянные церкви – Троицкая, Благовещенская, Сергея Радонежского. Антоний составил строгий устав иноческой жизни. Сам он ревностно охранял свой дух, умерщвляя плоть изнурительными испытаниями; дважды удалялся на безмолвие, на длительное время в уединенные места. Полное подчинение плоти духу наделило Антония даром прозорливости, умением распознавать людские помыслы. Антоний скончался в возрасте79 лет и был похоронен у Троицкого собора близ алтаря. В1579 г. произошла канонизация святого, празднование преподобного Антония Сийского установили 7(20) декабря, в день его кончины.

Канонизация Антония возвысила значение монастыря как хранителя мощей чудотворца. Монастырь получает большие царские пожалования. Начинается строительство каменных церквей. Над местом захоронения основателя монастыря возводится Новый Троицкий собор. Большой след в духовной культуре Севера XVII в. оставили игумены Феодосий и Никодим – достойные преемники основателя обители. В XVII в. Сийский монастырь укрепляется: расширяет земельные владения. К нему приписываются несколько мелких монастырей; он приобретает значение церковно-административного центра северного края.